Вообще я по-привычке использую Navicat для руления базами данных. Очень мне нравится его визульное средство построения запросов. Таскаешь мышкой связи, а он сам пишет тебе правильные джойны. Быстро и удобно, но денег стоит.

В нашей команде все в основном используют phpMyAdmin Для управления MySQL. Лично мне он не нравится своей монструозностью. Весит 15 мб, 975 файлов.

На фоне него Adminer выглядит легким и свежим.

Состоит из одного единственного файла 200 кб. Позволяет сходу подключаться к любому MySQL, а не только к указанному в конфиге (по умолчанию локалхост). Все что нужно — умеет.